Josef Thomayer byl snad nejvýraznější a přitom velmi barvitou postavou českého lékařství na přelomu 18. a 19. století.
V té době se formovaly dvě základní školy českého vnitřního lékařství. Vedle Eiseltovy I. české interní kliniky zahájila v roce 1887 činnost II. interní klinika české lékařské fakulty, jejímž přednostou byl Emerich Maixner. Ten roku 1902 převzal vedení I. kliniky a na II. klinice se stal profesorem a přednostou Josef Thomayer. Neobyčejně ji povznesl. Z původně jakéhosi přívěsku I. interní kliniky se stala přinejmenším rovnocenným pracovištěm a mnohdy ji i předčila. Pěstovaly se na ní všechny obory interny, pneumologie, kardiologie, endokrinologie ba i neurologie která tvořila konkurenci brzy nato vzniklé neurologické klinice.
Thomayer sám se angažoval ve více oblastech. Významných úspěchů dosáhl zejména ve studiu distribuce břišního poklepu, jejž důkladně popsal, rozšířil znalosti a vybudoval i léčbu zánětů tepen vedoucích k jejich ucpání. Jako první začal u nás budovat moderní neurologii, zabýval se kardiologií a chorobami cév.
Na pacienta pohlížel jako na celek a zastával názor, že při vyšetřování a léčbě nemocného není možné ustrnout v úzkých mezích speciálního vědění. Upozorňoval například, že řada kožních chorob má spojitost s chorobami vnitřními.
Jeho odborná bibliografie byla velmi rozsáhlá. Patřil ostatně mezi písemně nejplodnější lékaře. V roce 1886 poprvé vyšla Thomayerova praktickými lékaři hojně používaná příručka Úvod do drobné praxe lékařské a v roce 1893 prvé vydání rozsáhlé Patologie a terapie nemocí vnitřních. Mezi jeho následovníky patřili proslulí lékaři J. Pelnář, L. Syllaba, B. Prusík, A. Heveroch a j. V roce 1883 spolu s Jaroslavem Hlavou založil druhý český lékařský časopis - Sborník lékařský - a v roce 1889 začal vydávat menší práce ve Sbírce přednášek a rozprav, později nazývané Thomayerovou sbírkou.
Aktivní dlouholetou činnost vyvíjel jako funkcionář Spolku českých lékařů a redaktor obsáhlých věstníků, které vycházely při příležitosti sjezdů přírodozpytců a lékařů.
Narodil se v Trhanově jako syn panského zahradníka hrabat Stadionů. Po ukončení gymnázia v Klatovech studoval na lékařské fakultě ještě nerozdělené univerzity v Praze. Promoval v roce 1876 a poté se věnoval vnitřnímu lékařství. Již tehdy vykonal řadu cest do ciziny. Pobýval v Paříži, Londýně, Berlíně. Thomayer se nikdy neoženil. Měl velké množství obdivovatelů i obdivovatelek, přátele i nepřátele.
Byl to člověk širokých kulturních zájmů a jeho podíl na rozvoji české kultury a vědy byl uznáván již za jeho života. Znal se a přátelil s řadou osobností z literárních a kulturních kruhů té doby – Janem Nerudou, Vítězslavem Hálkem, Aloisem Jiráskem, Jaroslavem Vrchlickým, Mikolášem Alšem a dalšími. Sám také psal a vydával povídky pod průhledným pseudonymem R.E. Jamot. Thomayerovo literární dílo tematicky zahrnovalo několik okruhů. Byla to především příroda a cestování. Často se objevují motivy z lékařského prostředí a ze života literárního a uměleckého, oživené osudy rozmanitých postav a postaviček. Autor měl vypravěčský dar, jiskru, vtip a humor. Z jeho čtivé beletrie jmenujme alespoň sbírky povídek Příroda a lidé (1880), Vedle cesty (1895) a Po různých stezkách (1902).
Pověstný byl jeho téměř šovinistický vztah k Chodsku a k okrajovým oblastem Čech vůbec. Byl přesvědčen že kulturní a intelektové bohatství českého národa pochází odtamtud. Nejvíce pohrdal Pražáky a obyvateli středních Čech a dával to najevo. Vymyslel pro ně výraz „Dementia mesobohemica“, který často užíval. Když některý student při zkouškách neuměl, vždycky se ho zeptal, odkud je. Když se dověděl, že z Prahy, triumfoval.
Vážnější byla jeho nesnášenlivost s chirurgy. Nikdy nedoporučil pacienta na operaci apendicitidy, ani když šlo o nemoc akutní. Pakliže pacient vymáhal operaci, ukázal velebným gestem směrem k Maydlově (chirurgické) klinice se slovy: “Chcete-li umřít, jděte tam“.
O hlubokém sociálním cítění Josefa Thomayera svědčí, že v Trhanově na vlastní náklady postavil chudobinec pro čtyři rodiny, které také průběžně podporoval. Také některé jeho práce připomínají sociální problémy doby, například O bídě našich souchotinářů, O bídě epileptiků aj. Svoje nemalé jmění odkázal Ústřední matici školské, knihovnu a výtvarné sbírky Národnímu muzeu a Národní galerii.
V současné době Thomayerovo jméno snad nejvíce připomíná nemocnice v Praze – Krči. Původně Masarykovy domovy vybudované v letech 1924 – 1928 jako domovy důchodců, byly postupně počátkem padesátých let přeměněny na obvodní nemocnici v Praze 14 – Krči. V roce 1954 byla ustavena zvláštní komise, která měla rozhodnout, po kom bude nemocniční areál pojmenován. Jak vysoko byl oceňován Thomayerův podíl na rozvoji české kultury a vědy i dlouho po jeho smrti dokládá, že komise nakonec v užším výběru dala Thomayerovi přednost před doktorem Ivanem Hálkem, pro kterého svědčil jeho marxistický světový názor.