Doba, ve které Jessenius žil, byla poznamenaná převratnými objevy nových zemí, vynálezem knihtisku, nebývalým rozkvětem umění, novými vědeckými poznatky, které vedly až ke změně názoru na svět a také postupným odklonem od tradičních nauk. V našich zemích se však projevovalo znatelné časové zpoždění. Univerzita Karlova, zmenšená tehdy na jedinou fakultu artistickou, ustupovala do pozadí, lékařství nadále spočívalo na několika reprezentantech, kteří se většinou uplatňovali mimo univerzitu. O obrat k lepšímu pro anatomii a chirurgii se pokusil lékař a profesor univerzity Adam Zalužanský ze Zalužan. Ve spisku Řeč ve prospěch anatomie a zřízení lékařského studia, adresovaném císaři Rudolfu II., orodoval za úspěšnější vyučování anatomie a botaniky. Důsledkem bylo povolání profesora anatomie Jessenia do Prahy. Anatomii před ním na univerzitě vyučoval zejména Adam Huber z Riesenbachu, moravský rodák (1546-1613), který přednášel podle Vesalia. Nedemonstroval ovšem s pomocí pitevního materiálu, ale podle obrazových tabulí.
Jessenius, po otci příslušník uherské šlechty z území dnešního Slovenska, se narodil v převážně německojazyčném druhém největším městě Koruny české, ve slezské Vratislavi 27. prosince 1556. Studoval filozofii a medicínu ve Vitenberku, Lipsku, Padově. Pro své protestantské vyznání však v Padově, kde vystudoval medicínu, nemohl být graduován. Doktorský titul mu proto v roce 1591 udělil císařský palatin v Praze. Byl lékařem ve Vratislavi a osobním lékařem vévody sasko-výmarského, Fridricha Viléma. S jeho podporou byl v roce 1594 přijat mezi profesory vitenberské univerzity, jejímž rektorem se stal o tři roky později, v roce 1597. V roce 1608 si získal důvěru Matyáše II. a stal se jeho osobním lékařem.
Funkci rektora a kancléře Univerzity Karlovy a profesora historie na filozofické fakultě zastával v letech 1617-1620. Proslavil se pitvami, které prováděl v Praze roku 1600 a 1605 v Rečkově koleji. O první pitvě publikoval latinsky ve Vitenberku spisek Anatomiae Pragae anno 1600 abs se solemniter administrarae historia (1601). Proslulé pražské Jesseniovy pitvy však byly spíše jen divadlem pro senzacechtivé publikum z univerzitních i mimouniverzitních kruhů. Jesseniovi pitvy měly především získat pozornost císařského dvora. Za přítomnosti studujících, doktorů, šlechty a kněžstva Jessenius pitval v červnu roku 1600 člověka popraveného provazem, a to v místnosti, jak sám udává, pro tuto příležitost velmi příhodné, přičemž mu i samo nebe bylo nakloněno. V noci totiž pršelo a bylo chladno, za dne však panovalo slunečné a jasné počasí. Pitvání trvalo čtyři dny a bylo doprovázeno devíti přednáškami. Právě tyto přednášky pak uveřejnil Jessenius tiskem. Svými základními názory prezentovanými v popisu pitvy se nijak nelišil od běžných názorů galenistů v 16. století. Anatomii vylíčil zcela scholastickým způsobem, nejprve dutinu útrobní, pak hrudní a nakonec lebeční s čidly. Končetiny po scholastickém způsobu odbyl zcela zkrátka. Popis je dogmatický, nenajdeme zde známky renesančního ducha. Kostru mrtvoly daroval univerzitě. Pitva, ačkoliv nepřinesla žádné nové objevy, v naší historii přece znamenala mezník, předzvěst nového vědeckého hnutí.
Zdá se, že po Jesseniově smrti byla snad věnována větší pozornost praktickému vyučování anatomie, jíž byly pitvy součástí. Nasvědčují tomu dochovaná nařízení místodržitelství ze dne 9. ledna a 24. února 1631, kterými se purkmistru Nového Města pražského nařizuje, aby z odsouzenců k smrti muže nebo ženu dal katem zardousit a poté odevzdal doktorům a chirurgům na anatomická studia. Jako doplněk k „pražské anatomii“ publikoval v roce 1601 práci De ossibus tractatus, Traktát o kostech. V témže roce vyšlo i dílo Institutiones chirurgicae, které obsahuje popis chirurgických výkonů, nástrojů a protéz. Spis naznačuje, že Jessenius byl nejen anatomem, ale jistě i chirurgem a praktickým lékařem. Na 106 listech díla jsou velmi stručně, v krátkých odstavcích, shrnuty základní chirurgické vědomosti a zkušenosti té doby. První část pojednává o zpryšťadlech, žehadlech a otvírání hlíz na různých místech těla. O tom co je potřeba připravit, jakým způsobem operovat a jak dále léčit. Obzvláště vychvaluje venesekci a obšírně ji popisuje. V druhé části jsou popsána rozmanitá poranění těla z příčin zevních i vnitřních, připojeno je jejich pojmenování a rozdělení. Část o obvazech je velmi stručná a přesná, rovněž uvádí užití roušek a dlah. Při zlomeninách a vykloubeninách líčí pravidla jak postupovat při obvazu a při ošetřování kýl. Třetí část jedná o operacích přebytečných částí a nádorů – radí žehadlo nebo nůž. Při překážkách při močení radil i zavedení cévky do měchýře. Doporučuje cévku z rohu, jež v teplé vodě změkne (jak to viděl dělat v Benátkách), nebo cévky stříbrné. Popsal i amputace. Čtvrtá část představuje kosmetické zásahy – jedná o prostředcích na vzrůst vlasů, umělých zubech, očích a také o Tagliacoziho metodě vytvoření nového nosu. Jessenius vydal také několik chirurgických spisů po vzoru Bartoloměje Montagnana.
Čech se týká kuriózní spisek o sedláku, který spolkl nůž - De rustico Bohemo cultrivorace historia (1607). Když byl v květnu 1602 hostem v koleji Karla IV. přivedl k němu Florian Mathes, ranhojič a bradýř na Starém Městě pražském sedláka, který si v hospodě strkal do jícnu nůž rohovým držadlem napřed, až ho nebylo vidět, přičemž požíval nápoje a poté nůž zase vytahoval. Provozoval to dva roky až konečně nůž skutečně spolkl. Jessenius ohledal břicho a zjistil, že hrot nože je v levé dolní části žaludku a že bez porušení žaludku nemůže vyjít. Sedlák tedy žádal aby nůž odstranil vyříznutím. Jessenius ale sedláka přemluvil, aby věc ponechal přírodě a připomněl obdobný případ v Paříži, kdy nůž vyšel za 9 měsíců. Za sedm týdnů ranhojič Florian nařízl otok, který se utvořil a nůž vytáhl. Byl dán do císařských sbírek.
Zajímavé, i když nikterak originální, jsou jeho spisy o moru - De cavenda tollendaque peste (1606) a Adversus pestem konsilium. V Jesseniově životě se prolínala medicína s politikou. Místo v historii mu nakonec zajistila spíše účast ve stavovském povstání, kdy na úkor svého rektorátu plnil diplomatické poslání českých stavů v Uhrách u sedmihradského knížete G. Bethlena. V důsledku těchto svých aktivit byl popraven 21. června 1621 na Staroměstském náměstí. Součástí jeho politických úvah byla i medicínská argumentace, naopak jeho krutý konec na popravišti byl v dobovém nazírání komentován jako odplata bezbožnému doktorovi, který sám „lidi čtvrtil“.