V roce 1931 byl otevřen Lékařský dům, postavený v Sokolské ulici v Praze, který se stal sídlem lékařských organizací a lékařské knihovny. Řídícím orgánem byl Sbor Lékařského domu a právě na jeho výroční schůzi dne 13.2.1934 vystoupil tehdejší předseda Sboru, profesor František Šamberger, s výzvou ke zřízení lékařského muzea. Návrh se setkal okamžitě s odezvou a ihned bylo zvoleno kuratorium, které vypracovalo program a cíle muzea.
V soudobých pramenech nalezneme jména osobností, které se staly členy kuratoria, i s příslušnými charakteristikami: "profesor dr. Karel Hübschmann, arbiter v umění, dr. Antonín Mastný, přední numismatik český, doc. dr. Duchoslav Panýrek, senior a pamětník nevyčerpatelných dat a událostí, docent dějin lékařství dr. Josef Vinař a primář dr. Jan Tůma". Muzejním správcem byl určen RNDr. Viktor Palivec, vedoucí knihovny Lékařského domu.
Ve Věstníku čs. lékařů byly od té doby zveřejňovány výzvy ke sběru a podpoře fondů Lékařského muzea. V následujícím čtyřletém období byl vytvořen, především z darů a pozůstalostí, základ muzejního fondu. Získané předměty a archiválie byly ukládány v Lékařském domě s nadějí na pozdější vhodné umístění. V roce 1938 byla založena i Společnost Lékařského muzea, která měla podporovat plnění vytčeného programu muzea. Slibný vývoj přerušila válečná léta, během kterých se sbírky několikrát stěhovaly. Péčí dr. Palivce byly fondy ale také tříděny, katalogizovány a v neposlední řadě i rozšiřovány. Z darů, pozůstalostí po českých lékařích, ale i nákupem.
MUZEJNÍ SBÍRKY
1. Akologický kabinet
Akologický kabinet obsahuje unikátní sbírku asi 600 lékařských nástrojů, která byla založena v roce 1809 při lékařské fakultě UK. Je dokladem vývoje chirurgické techniky za posledních 250 let.
2. Novější lékařské nástroje a přístroje
Soubor obsahuje velké množství většinou chirurgických nástrojů z konce 19. století a první poloviny 20. století. Část z nich je uložena ve speciálních kazetách a pouzdrech.
3. Mince a medaile
Sbírka obsahuje 700 kusů mincí, medailí a plaket s tematikou vztahující se k oboru lékařství a farmacie.
4. Sbírka uměleckých předmětů
Zvláštností muzea je sbírka 170 sošek a figurek z různých materiálů a dob s motivem tělesně postižených lidí. Sbírku doplňují grafické listy.
5. Další hmotné památky
Lékárenské nádoby a dózy (dřevěné, majolikové, cínové, porcelánové), anatomické modely, středověké amulety, obrazy, busty, fotografie, lékařské a farmaceutické diplomy již od 18. století
6. 
Knižní fond
Soubor obsahuje 300 nejvzácnějších lékařských knih ze 16. a 17. století, 900 knih tzv. Fritzovy knihovny, založené v roce 1809 (především chirurgická literatura 18. a 19. století), 10 000 knih z různých lékařských oborů z 18. - 20. století.
7. Archiv
Archiv muzea obsahuje archiválie získané většinou z pozůstalostí význačných českých lékařů. Dále pak prameny k dějinám některých lékařských institucí, očkovací vysvědčení z minulého století, protiepidemická nařízení již z doby Marie Terezie, materiály o lékařích a zdravotnících, kteří se zúčastnili odboje proti nacismu za 2. světové války apod.