Protože v grémiích neměli zastoupení zaměstnaní, tzv. kondicinující lékárníci, zákon z r. 1907 slíbil zřízení lékárnických komor, v nichž by byli všichni rovnoprávně zastoupeni. Do přijetí zřizovacího zákona měly být k úřednímu zastupování zaměstnaných magistrů při grémiích lékárníků v Praze, Brně, Olomouci a Opavě ustaveny Výbory kondicinujících lékárníků. Jejich úkolem bylo, shodně jako u grémií, vyjadřovat se k lékárenským záležitostem. Avšak zákon o lékárnických komorách nevyšel. Výrazem centralizace bylo také zavedení jednotného lékopisu pro celou monarchii, který vyšel v roce 1774.

Péče státu o zdravotnictví pokračovala v letech 1780–1790 za vlády Josefa II. Vedle privatizace klášterních lékáren byly pro lékárenství významné změny v nemocniční a ústavní péči. V hlavních městech Českých zemí se zakládaly sociálně-zdravotní zaopatřovací ústavy, které byly určeny především k péči o nemajetné. Ze začátku zahrnovaly zpravidla porodnici, nalezinec, sirotčinec, ústav pro choromyslné, chorobinec a všeobecnou nemocnici. Vznikaly na přelomu století ve Vídni, Brně, Olomouci, Praze a Opavě. Léčiva pro tyto ústavy zabezpečovala společná nemocniční (ústavní) lékárna. Pronajímala se měšťanským lékárníkům, kteří ji vybavili zařízením a personálem a ústavům poskytovali až 25% slevu z obvyklé ceny léčivých přípravků. Od osmdesátých let 19. století přecházely nemocniční lékárny do majetku zemí.

V josefínském období se reformovalo také vojenské zdravotnictví. V roce 1794 zanikl systém příležitostné-ho najímání civilních lékárníků k zabezpečení vojenských akcí léky a v rakouské armádě byl zřízen stálý sbor vojenských lékárníků, tzv. vojenská „medikamentní režie“ s hlavním skladem léčiv a laboratoří ve Vídni a s menšími sklady v Praze a Budapešti. Nemocnice posádkových měst dostávaly postupně nové vojenské lékárny, nebo je zásobovaly veřejné lékárny civilní. Práce vojenských lékáren se řídila od roku 1795 Rakouským vojenským lékopisem – Pharmacopoea Austriaco-castrensis, který do roku 1891 vyšel v šesti vydáních.

Lékárna U zlatého lva, která vznikla v polovině 18. století v Praze na Pohořelci, se v roce 1794 přestěhovala do dnešní Nerudovy ulice. V roce 1814 ji koupil lékárník Vincenc Dittrich, který ji opět přesunul do jiného domu v horní části téže ulice a vybavil ji novým moderním mobiliářem. Později lékárnu zdědil jeho syn Josef (1818–1898). Patřil mezi významné české a světově uznávané farmaceuty. Byl členem několika spolků a mezinárodních společností a také poslancem českého sněmu.