Trávení škrobu začíná již v dutině ústní, je tedy časově velmi omezené, protože acidické pH v žaludku zastaví působení slinné amylázy, která je účinná pouze při pH neutrálním. K dalšímu štěpení škrobu dochází poté až v tenkém střevě působením amylázy vyměšované do střeva z pankreatu. V tenkém střevě tak vznikají postupně oligosacharidy tvořené 6, 5, 4, 3 a konečně 2 glukózovými jednotkami, tj. disacharid maltóza.
Štěpení maltózy, stejně jako sacharózy a laktózy, již neprobíhá ve střevním lumen, ale na kartáčkovém lemu enterocytů.
Štěpením jednotlivých disacharidů vznikají následující monosacharidy:
Tyto produkty intestinální resorpce disacharidů, monosacharidy, již mohou být transportovány do enterocytů a do krve. V případě glukózy a galaktózy se tak děje aktivním transportem. To znamená, že tyto hexózy jsou transportovány ze střeva do krve proti koncentračnímu gradientu, tedy i v tom případě, že jejich koncentrace ve střevě je nižší než v krvi. Fruktóza je resorbována ze střeva pomaleji než glukóza a galaktóza.
Disacharidázy jsou částečně substrátově regulovány, tzn. že jejich aktivita je ovlivněna množstvím příslušného disacharidu v potravě. To platí zejména pro laktázu. Aktivita tohoto enzymu střevní sliznice je u populací s tradičním nízkým konzumem mléka (Indie, Eskymáci) až desateronásobně nižší než například u Evropanů nebo bělošských obyvatel USA.
Deficience laktázy - laktózová intolerance je pravděpodobně nejčastěji se vyskytující poruchou trávení disacharidů a postihuje značnou část světové populace - přitom má výrazné etnické pozadí. Zatímco u bělošských obyvatel USA (podobně jako u Evropanů) tato porucha postihuje přibližně jen 10% populace, u černošského obyvatelstva lze výskyt poruchy prokázat až v 70%.
Porucha se manifestuje u dětí zpravidla ve věku od 4 do 16 let, takže využití laktózy z mléka v kojeneckém období není většinou postiženo.
Méně častá je deficience sacharázy, která postihuje jen asi 0,2% populace. Na rozdíl od laktózové intolerance se však manifestuje již v kojeneckém období.
Kromě těchto specifických poruch trávení disacharidů dochází k nespecifickým poruchám digesce i resorpce při zánětech střeva, vyvolaných bakteriálními nebo virovými infekcemi, při parazitárních onemocněních střeva, při přecitlivělosti na některé potraviny, dále při podávání vysokých dávek některých léků a po chirurgickém odstranění některé části gastrointestinálního traktu. V těchto případech se pochopitelně jedná o generalizovanou poruchu digesce a resorpce i ostatních živin.
Při poklesu aktivit disacharidáz zůstávají disacharidy v tenkém střevě nerozštěpeny a osmotickým efektem přitahují vodu z krevní plazmy do střevního lumen, čímž se zvyšuje střevní náplň. Trávenina pak rychle postupuje do tlustého střeva, kde jsou nestrávené disacharidy rozkládány bakteriemi, přičemž vznikají nízkomolekulární látky, dále zvyšující osmotický efekt. Zůstane-li například 50g disacharidů nestráveno, tyto disacharidy, spolu s produkty jejich bakteriálního rozkladu, váží na sebe až litr vody, což výrazně zvyšuje obsah tlustého střeva i tlak na jeho stěnu a vede tak k vodnatému průjmu.
Vzhledem k tomu, že střevní pasáž je patologicky zvýšena a tudíž kontakt živin s intestinální sliznicí je zkrácen, může při těchto poruchách sekundárně docházet i ke snížené digesci a resorpci jiných živin, včetně vitaminů. Příznaky vymizejí po vyloučení příslušného disacharidu z potravy. Eliminace sacharózy z potravy nemá žádné negativní důsledky, naopak může mít výsledky spíše pozitivní, vzhledem k tomu, že sacharóza je zčásti zodpovědná za vznik zubního kazu.
Z nutričního hlediska je závažnější laktózová intolerance pro nesnášenlivost mléka, vzhledem k výše popsaným nepříjemným intestinálním potížím spojených s jeho požitím. Na tomto místě je třeba připomenout, že mléko je významným zdrojem lehce stravitelných plnohodnotných živočišných bílkovin a v tucích rozpustných vitaminů. Tyto živiny lze sice nahradit z jiných zdrojů, ale mléko je však navíc bohatým a obtížně nahraditelným zdrojem kalcia. Řešením je podávání bezlaktózového mléka, v němž je obsah laktózy uměle snížen, ale obsah ostatních složek včetně kalcia je zachován.
Za zmínku stojí intestinální zpracování a účinky oligosacharidů obsažených v luštěninách - stachyózy a vebaskózy - na intestinální funkce. Luštěniny jsou bohatým, u nás zatím ne zcela doceněným zdrojem bílkovin, vlákniny, škrobu, vitaminů a minerálií. Žádná část lidského gastrointestinálního traktu však neprodukuje enzymy, schopné štěpit zmíněné oligosacharidy. Tyto procházejí tudíž nezměněny do tlustého střeva, kde vzniká značné množství plynů, hlavně CO, což vede k plynatosti, případně průjmu. Vzhledem k tomu, že tyto oligosacharidy jsou rozpustné ve vodě, lze jejich obsah v luštěninách výrazně snížit několikahodinovým máčením ve vodě před kuchyňskou úpravou. Je přirozené, že tuto vodu pak již není vhodné použít při další přípravě luštěnin. Tím se samozřejmě zbavujeme kromě těchto oligosacharidů, alespoň částečně i minerálií a ve vodě rozpustných vitaminů. Jiným způsobem jak zbavit luštěniny těchto oligosacharidů, je klíčení - tak např. naklíčené sojové boby, hojně konzumované v asijských zemích, jsou po třech dnech klíčení téměř zcela prosté těchto oligosacharidů.